公益法人に移行した場合、少なくとも3年に1度は立ち入り検査を受けることとなります。
検査と言っても、ルールベースの事後チェックが主な内容ですので、
法令違反をしない限り処分されることはありません。

一般法人では原則立ち入り検査はありませんが、
公益目的支出実施中の期間は、その実施報告をする必要があります。