平成23年6月22日に公布された「特定非営利活動促進法の一部を改正する法律」(平成23年法律第70号)により、新たな認定制度の整備が行われ、平成24年4月1日から施行されました。
 これにより、国税庁長官が認定する認定制度が廃止され、都道府県の知事又は指定都市の長(以下「所轄庁」といいます。)が認定する新たな認定制度が開始されています。そのため、新制度に基づき認定の申請を行う場合は、該当する所轄庁へ申請することとなります。